光绪二十九年（1903年）京师大学堂设立医学实业馆，次年改为医学馆，1912年改创北京医学专门学校，1924年改为北京医科大学，1928年并为国立北平大学之医学院。——黎锦熙《国立西北大学校史》

1912年，中华民国成立，为发展教育事业，政府颁布了新学制，并开办了一批新式学校。1912年10月，北京医科专门学校在京师大学堂医学馆原址成立。1914年经教育部批准，北京医科专门学校设立诊察所，之后更名为附属医院。1923年奉命改建为国立北京医科大学，1927年与北京所有国立高等学校合并成立国立京师大学校，更名为国立京师大学校医科。1928年11月，国立京师大学校改组为国立北平大学，医科改为医学院，为国立北平大学医学院。1929年4月，附属医院迁至西城背阴胡同，病床百余张，内科教授吴祥凤任附属医院院长。这是第一个由中国中央政府创办的从事西医医学教育和医学科学的高等教育学府，实现了西医教育与科学在中国土地上的生根与成长。此即西安交通大学医学部及第二附属医院的创建源头及历史传承。

1937年 “七七事变”爆发，北平天津先后沦陷于日军。为保存民族教育，国民政府教育部令国立北平大学、北平师范大学、北洋工学院西迁西安，组建国立西安临时大学、国立西北联合大学。由此，国立北平大学医学院与附属医院烽火涅槃，薪火相传，先后更名为国立西北医学院、西安医学院、西安医科大学、西安交通大学医学部及其附属医院，延续和保存了中国最早的现代医学火种，筚路蓝缕，奠基和发展了中国大西北的现代医学教育和医学科学事业。