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1966年
1月
21日 从1965年12月起至1966年1月中旬，王树梓、董淑芬、刘蔚同三位教授前往陕西人民麻风病院，为麻风病人作手术120多例。全体手术病人来信表示感谢。
29日 中医科米伯让调陕西省中医研究所担任所长一职。
2月
21日 医院成立增产节约办公室，由刘潍等九人组成。下设三个小组：药品器材节约小组、水电煤炭和办公用品节约小组、粮食节约小组。
21日 医院移交西安市房地局西七路116号地皮一亩，后院厦房七间，该房原属西安市房地局没收反革命分子张迺云财产，1953年拨给西安市卫生局所属五区妇幼保健站使用。
4月
在北京召开的地方病防治经验交流会上，克山病教研组研发的大剂量维生素C疗法被誉为“克山病治疗上划时代的里程碑”。卫生部钱信忠部长指令作部级鉴定，作为国庆20周年时的献礼。
5月
西安市建设局来函：7月份修建西五路慢车道工程，医院住院部大门两座传达室和住院室病房须后退到规划建筑线位置。
6月
1日《人民日报》社论“横扫一切牛鬼蛇神”发表后，学校教学秩序开始发生混乱。医院教学医疗受到影响，但仍坚持医疗工作。此后，医学院停止招生6年，四个在校年级（29.30.31.32期）“停课闹革命”。
本月 医院赴延安等地卫生工作队部分人员回院参加文化大革命，轮换人员暂不返回延安。
8月
月初 医院成立“文化大革命筹备委员会”，医院“文革”运动开始，工作秩序收到严重冲击。
6日 医院部分群众又组织成立了“文革造反委员会”。
10月
同日 根据陕西省卫生厅等有关上级通知精神，医院从即日起取消住院预交金制。
12月
17日 卫生部批复：延安农村卫生试点工作结束，可抽调部分农村巡回医疗队返回本单位参加文化大革命。
本年 医院承担的科研项目：克山病的研究、零号疗法的研究、针刺麻醉的研究。
至本年 医院共有正式床位600张，工作人员总计655人，其中行政管理人员61人，专业技术人员424人，其他人员170人。
